#NEXUS 
[MacClade 4.06 registered to Sarah Mathews, Harvard University]


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C_Piper_AF190101                 ????????????????????????????????????------------------CCTGCCGATGTGCCCGTGACTGCAGCCGGGGCTCTCAAGTCTTATAAGCTCGCAGCGAAAGCTATTTCTAGGCTTCAGTCAATGCCCAATGGGGATATTGCGCTTTTGTGTGATGTTTTGGCGAGAGAAGTGAGTGATCTGACGGGGTATGATCGGGTTATGGCCTATAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGATAGCCGAGTGCAAGAGGTCGGATTTGGAGCCTTACCTTGGCCTGCATTACCCTGCTACTGATATACCTCAGGCTTCGAGGTTTTTGTTTATGAAGAATAAGGTGAGGATGATTTGTGACTGTCTCGCTCCCCCGGTGAAGGTGGTGCAGGACAAACGGCTGGGACAGCCGCTTAGTCTGGCTGGATCGACGTTGAGAGCACCCCATGGCTGCCATTCACAGTACATGTCCAATATGGGTTCCATTGCATCTCTTGTGATGTCTGTGATGGTGTGTGAGGGCGACGAAGAT---------------------------------TCGAATGGGGAAAAAACGGCTAGGAAGCTTTGGGGATTGGTGGTATGCCACCATACCAGTCCGAGGTTCATACCTTTTCCATTGCGGTATGCTTGCGAGTTTTTGATCCAGGTGTTTGCAATCCAGCTCAGTAAAGAAGTAGAATTAGCCGCGCAGGTGAAGGAGAAGCATGTACTGCGTATGCAGACTGTGTTGTGTGACATGCTTCTCCGAGATGCTCCAATGGGAATCATGACACAATCCCCAAATGTGATGGATCTCGTCATGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACCACTCCCAGTGTTGGTTGCTAGGAGCCACCCCAACTGAAAACATGGTTAGAGACATAGCTGAATGGCTTCAGCAGTACCATGGTACTTCAACTGGCCTGAGTACAGATAGCCTT---------GTGGAGGCTGGCTACCCAGGTGCTCATGAACTTAGTGATGCAGTTTGTGGAATGGCGGCTATTACAATTACA---AATAGAGACTTCTCCTTTTGGTTTAGATCACATACAGCA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1668]
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C_Trochodendron_AF190109         ????????????????????????????????????------------------CCTGCTGATGTGCCAGTAACAGCTGCTGGGGCATTGAAATCTTACACGCTTGCAGCAAAAGCCATTTCTAGACTGCAGTCTTTGCCTAGTGGAAATTTGTCACTGTTATGTGATGTATTGGTTCGGGAAGTGAGCGAACTGACAGGTTACGATAGGGTAATGGTTTATAAATTTCACGAACACAAACACGGGGAAGTGGTGGCCGAGTGCCGGATATCTGATTTGGAACCATATCTCGGCTTGCATTACCCGGCTACTGATATACCACAAGCTTCAAGGTTTCTCTTCATGAAGAACAAGATTAGGACGATCTGTGACTGTTTAGCCCCGCCAGTTAAAGTAATTCAAGACAAAAGATTGGTACAGCCATTGAGTTTGTGTGGGTCCACACTGAGAGCTCCTCATGGGTGTCATGCACAGTACATGGAAAATATGGGTTCCATTGCGTCTCTCGTGATGTCTGTGATGAATCATGAGGATGAGGATGAG---------------------------------ATTGAGAGCGATAGGAAGGGAAGGAAGCTGTGGGGATTGGTAGTCTGCCATCACACAAGCCCTAGGTTTGTCCCATTCCTCCTTAGGTATGCATGCGAGTTCTTGATACAAGTCTTCGGTATACAGCTTAACAAGGAGGTGGAGTTAGCGGCTCAATTGAGGGAGAAGCATATTTTGCGCACTCAGACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCTCCTGTAGGGATTGTTACTCAATCACCTAATGTAATGGACCTTGTTAAGTGTGATGGTGCCGCACTGTACTACAGGAACACAATTTGGTTGCTTGGAGTCACCCCTACAGAAGCACAAATTAGAGATATTGCTGGATGGCTTCTCGAGTACCACAATGGGAGTACAGGTTTAAGCACGGATAGCCTC---------ATGGAAGCTGGCTACTCGGATGCTTTGCTTCTTGGAGATGCAGTTTGTGGAATGGCTGCCGTTAAGATTACT---TCAAAGGACTTCCTCTTTTGGTTCCGATCACATACGGCGAAGGAGATCAAGTGGGGTGGTGTAAAACATGACCCTGTTGATAAGGAT---GATGGCAGGAAGATGCACCCCCGATCATCGTTCAAGGCCTTCCTGGAGGTGGTTAAGCGGCGAAGCCTACCTTGGGAA-------------------------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1640]
C_Xanthorhiza_AF276751           ????????????????????????????????????------------------CCTGCTGATGTTCCTGTAACTGCTGCCGGGGCAATGAAATCCTATAAGCTCGCCGCAAAAGCCATATCCAGGCTACAGTCTTTACCAAGTGGTAATATCACAGTCTTATGTGATGTATTGGTACAAGAGGTTAGCGACCTGACAGGTTATGACAGAGTGATGGTTTATAAGTTTCATGAAGATGATCATGGGGAAGTTGTAGCCGAATGCCGAGTACCAGAGTTGGAACCTTATCTGGGCTTGCATTATCCAGCTACTGATATACCACAAGCTTCTAGGTTTCTTTTTATGAAGAACAAAGTTAGGATGATCTGTGACTGCTCTGCGGCGCCCGTCAAAGTAATCCAAGATAATAAATTGGCACAGCCTCTGAGTCTTGGTGGGTCTGCACTAAGAGCTCCGCATGGGTGCCATGCACTGTACATGGCCAATATGGGTTCTGTAGCATCTCTTGTAATGTCTGTGACGATTAATGAGGATGATGATCAG------------------------------ATGGAGACTGATCAGCAGAAGGGAAGAAAACTATGGGGATTACTAGTATGCCATCACACAAGACCTAGGTTTGTCCCATACCCTCTTAGATATGCCTGTGAGTTCTTGATACAAGTCTTTGGTATGCAGATTAATAAGGAAGTGGAGCTGGCTACTCAGTTTAGAGAGAAGCATATTCTCCAGACCCAAACTGTTCTTTGTGACATGCTACTTAGGGATGCTCCAATAGGGATTGTAACTCAATCACCTAATATAATGGACCTTGTCAAGTGTAATGGTGGTGCACTCTACTATAGGAGCAGATTTTGGTTGCTTGGAGTAACACCCACTGAAGCACAAATAAAAGATATAGCTGAATGGCTTCTTCAGTACCACAATGCAAGTACAGGTTTGAGTACAGATAGTCTC---------ATGGAAGCCGGTTTTCCAGGTGCTTCAGTGCTTGGGAATGAAGTTTGTGGGATGGCCGCCATCAAGATTACA---ACGAAGGATTTCCTCTTCTGGTTCAGGTCGCATACAGCTAAAGAGGTAAAGTGGGGCGGTGCAAAACACAATCCCACTGAAAAGGAT---GATGGGTGGAAGATGCACCCTAGATCTTCATTCAAAGCTTTTCTGGAAGTGGTTAAGCATCGAAGTTTACCTTGGGAA-------------------------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [1643]
C2_Zea_AY234830                  gccatattgcaccggatcgacgtcggccttgtcatcgaccttgagccgttcaacccagcagacgtgccagtcacggccgcgggcgcgcttaagtcgtacaagctcgccgccaaggccatctccaggctgcagtcgctgcccagcgggaacctgtcgttgctgtgcgatgtgcttgtccgtgaggtgagcgagctcacgggctatgaccgggtcatggcgtacaagttccatgaggatgagcacggtgaggtcatttctgagtgcaggaggtccgatctggagccgtatcttggcctgcactacccagccaccgacatcccgcaggcgtccaggtttctgtttatgaagaacaaaatgcggatgatatgtgatttctctgccactccagtgctgatcattcaggatggcagccttgcacagcccgtcagcctctgtggttctaccctcagggcttcccatggttgccatgcacagtacatggcaaacatgggttctgttgcatcgcttgtgatgtcagtcactataaacgacgatgaggaggaa------------------gatggggataccgacagtgaccaacaaccgaaaggcaggaagctgtgggggctggtcgtctgccatcatacaagcccgaggtttgtccctttcccgctaaggtacgcttgcgagtttctcttgcaagtatttggcatacagctcagcaaggaggtggaactggctgctcaggcaaaggagaggcacatcctcagaacgcaaacccttctttgtgatatgctcctgcgggatgctcttgttgggatatttacccagtcacctaatgtgatggatctagtaaagtgcgatggagctgcattgtattatcagaaccaggttttggtgctcggatcaacaccgtccgagtcagagattaagagcattgccacatggctgcaggagaaccatgatggttcaactgggctgagtactgacagctta---------gtggaagcgggttatcctggtgctgctgcactccgtgaagtcgtgtgtggcatggtggccattaagatctct---tccaaaaattttatcttctggttccgatcacacacaacaaaggagatcaagtggagtggggctaagcatgaaccgtttgacgcagatgacaatggcaggaagatgcatccacgatcttcattcaaggccttcttggaggtggttaaatggagaagtgttccctgggaggatgttgaaatggatgctatccattctttgcagttaatattacgtgactccctgcaaggtgaagatgccaacagaaacaac---atcaggtccattgta---------------------aaagctccatctgatgatatgaagaagtta---caggggctacttgaactaagaacagttacaaacgagatggtccgcttaattgagacagcaactgcccctgtcttggct---------gttgacattgccggtaacataaatggatggaacaaaaaagctgcagaactaacagggttacctgtaatggaagccatagggaggcctctgata---gatcttgttgttgctgattctgttgaagtggttaagcagattttggactcagctttacaaggaattgaagagcaaaatctggaaatcaagcttaaaacattccatgaacaggagtgttgtggtcca---------gttatcttgatgattaactcctgctgtagtcgggat   [1662]
C1_Zea_AY234829                  gccatattgcaccggatcgacgtcggccttgtcatcgaccttgagccggtcaatccagccgacgtgccagtcaccgccgcgggcgcgctcaagtcgtacaagctcgctgccaaggccatctccaggctgcagtcgctgcccagcgggaacctgtcgttgctgtgcgatgtgcttgtccgtgaggtgagcgaactcacgggctatgaccgggtcatggcctacaagttctatgaggatgagcatggcgaggtcatttccgaatgcaggaggtccgatctggagccgtatcttggactgcactacccagccaccgacatcccgcaggcgtccaggttcctgtttatgaagaacaaagtgcggatgatatgtgattgctgtgccactccagtgaaggtcattcaggatgatagcctagcacaacctctcagcctctgtggttccacactcagggcttcccatggttgccatgcacagtacatggcaaacatgggttctgttgcatcacttgcgatgtcagtcactataaacgaggatgaggaggaa------------------gatggggataccgggagtgaccaacaaccgaaaggcaggaagctgtgggggcttgtcgtctgccatcatacaagcccgaggttcgtccctttcccactaaggtatgcttgtgagtttctcttgcaagtatttggcatacagctcaacaaggaggtggaattggctgctcaggcaaaggagaggcacatcctcagaacgcaaacccttctttgtgatatgctcctgcgggatgctcctgttgggatatttactcggtcacctaatgtgatggatctagtaaagtgcgatggagctgcattgtattaccagaaccagcttttggtgcttggatcaacaccctctgagtcagagataaagagcattgcaacatggctgcaggataatcatgatggttcaactgggctgagtactgacagctta---------gtggaagcgggttatcctggtgctgttgcacttcgtgaagttgtgtgtggcatggcggccataaagatctct---tccaaagattttatcttctggttccgatcgcacacaacaaaggagatcaagtggggtggggctaagcatgaaccggttgatgcagatgacgatggcaggaggatgcatccacgatcttcattcaaggccttcttggaggtggttaaatggagaagtgttccctgggaagatgttgaaatggatgctatccattctttgcagttaatattacgtggctccctgccagatgaagatgccaacagaaacaat---gtaaggtccattgta---------------------aaagctccatctgatgatatgaagaagata---caggggctacttgaactgagaacagttacaaatgagatggtccgcttaattgagacagcaactgcccctgtcttggct---------gtcgacattgccggtaacataaatggatggaacaataaagctgcagaactaacaggtttacctgtaatggaagccatagggaggcccctgata---gatcttgttgttactgattctatagaagtggttaagcagattttggactcagctttacaaggaattgaagagcaaaatatggaaatcaagcttaaaacattccatgaacatgaatgcaatggtcca---------gtaatcttgaaggttaactcctgctgtagtcgggac   [1662]
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BEGIN CODONS;
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BEGIN SETS;
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	CHARSET  3pos  =  3-1464\3 1476-1740\3 1740;
	CHARSET  rc8  =  3 9 24 27 33 60 69 75 81-87\3 102 114 129 138 153 162-168\3 180 186 201 213 219-225\3 240 243 255 258 276 291-297\3 321 330 345 348 354 360 363 378 387 390 402-417\3 426 435 447 456 459 465 468 480 486 495 504-510\3 518-522 525 527 531-546\3 555 561 570 582 591 603 624 630-636\3 651 654 655-657 660 666 672 678 681 687 690 696 705 708 720 729 738 750-762\3 768 780 792 801 810-813 816-822\3 831 841-849 858 861 867 879-885\3 891 894 909 912 922-925 927 939 981 996-1002\3 1012-1020 1023 1029 1044 1047 1053 1071 1092 1125 1140 1149 1155-1170\3 1174 1175 1179 1182 1184 1185 1188 1191 1192-1197 1200 1209 1212 1221 1245 1251-1257\3 1269 1272 1284 1290-1296\3 1314 1320 1326 1332 1341 1347 1350 1359-1368\3 1380 1386 1392 1401 1410 1422 1425 1431 1434 1440 1464 1476 1491 1509 1516 1518 1521 1527-1536\3 1537 1538 1540 1543 1544 1545 1548 1560 1566 1572 1587 1590 1602 1605 1614 1617 1629 1641 1644 1659 1671 1683 1689 1698 1704 1713 1716 1725 1740;
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BEGIN ASSUMPTIONS;
	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;
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BEGIN NOTES;

	TEXT  TAXON=56 TEXT= 'AY234830.__Zea_mays_cultivar_B73_phytochrome_C2_apoprotein_(phyC2)_gene,';
	TEXT  TAXON=57 TEXT= 'AY234829.__Zea_mays_cultivar_B73_phytochrome_C1_apoprotein_(phyC1)_gene,';
	TEXT  TAXON=51 TEXT= 'AF544029.__Stellaria_longipes_ecotype_prairie_phytochrome_C_(PHYC)_mRNA,';
	TEXT  TAXON=24 TEXT= 'AY943293.__Hordeum_vulgare_subsp._vulgare_phytochrome_C_(PhyC)_gene,_complete';
	TEXT  TAXON=53 TEXT= 'AJ295224.__Triticum_aestivum_phyC_gene_for_phytochrome_C,_exons_1-4.';
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BEGIN MacClade;
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